SPS委员会是根据《SPS协定》第12条而设立的负责协调管理《SPS协定》实施工作的机构。该委员会为各成员提供经常性磋商的场所，并履行第12条所赋予的职权，特别是协调和监督实施食品法典委员会（CAC）、国际兽医局（OIE）及国际植物保护公约（IPPC）制定的有关国际标准、指南和建议的情况。该委员会的日常工作由WTO总部农业和商品处的5位专职人员负责。

　 SPS委员会每年在WTO日内瓦总部举行3次会议，由各成员常驻日内瓦使团派员或从首都派员参加，相关国际组织及正在申请加入WTO的国家也作为观察员参会。每次会议主要是讨论SPS协定理解、实施中存在的问题，各成员就各自采取的SPS措施交流信息，就彼此之间贸易纠纷进行磋商，相关国际组织也会向大会汇报近期工作的进展，在会上还会讨论透明度、等效性、采纳国际标准、为发展中国家提供技术援助等问题。在每次会前都还要召开非正式的专题研讨会，供各成员在透明度、等效性等方面交流执行协定的经验。